经过二千年的闭关锁国，在重要的两百多年里，日本在经济和文化方面已经成为最刻苦专研和最有影响力的文明国家之一。这个创造了花道（插花）、歌舞伎（歌舞剧）和武士道（尚武精神）的民族同样将漫画、动画、寿司和相扑带给了全世界。“倭国”（通常译为“和”）的古老传统，不论好坏，都已被进步和利益取代。

根据日本最早的文献《古事记》（约712年）记载，在5位原始神明出现之后，又诞生了一对兄妹神明，名为伊邪那岐和伊邪那美，他们用一根巨矛搅动海水，创造了日本的434个岛屿——从矛上滴落下来的海水形成了岛屿，二神在此安居并生下了其他Kami（神明或“精神实质”的意思）。真实情况乏味多了；大约四万年前，人类跨过陆桥进入该岛，大约两万九千年后，这个岛屿从亚洲大陆脱离。到了公元前660年左右，出现了一种人类文明，当时的统治者据称是太阳女神的后裔。

日本的“文字记载历史”大约从三世纪开始，当然在更早时期也有一些乏味的记录，例如公元57年的《后汉书》。日本的古坟时代见证了几大军事家族的崛起，最引人注目的是大和家族，他们最终统治了本州岛中南部，这个过程中当然发生了大量杀戮。最终，击败了其他家族后，大和家族宣布自己是日本群岛的天皇。但在接下来的几个世纪里，他们的权力却被不断减弱，皇室的权威被野心勃勃的大领主们不断破坏掉了。

在大和天皇统治下的前一百年里，日本农民开始在农业上使用铁制工具，土地上出现了更先进的种植方式，洪水泛滥的土地用来种水稻，这是一种美味且营养丰富的谷物，不久就成为了日本料理的基础。这种土地的馈赠意味着使用更少的农民就可以种植出更多的粮食，这使得大领主们开始将剩余劳动力用于军队事务中。一种新兴阶层开始跻身于日本社会：武士阶层，或称为“贴身护卫的人”。很快，所有领主都有了自己的私人军队。就在这时，日本从他们的邻国那里引进了一些先进技术，其中最重要的可能是中国的书籍；像儒家思想这样的宗教汉字手写本。到了6世纪，佛教也出现在这里。

最初的幕府将军是受天皇任命的“征夷大将军”（“对抗野蛮人的远征军总司令”），任务是除掉那些虾夷人、阿伊努人和其他那些在岛上居住但不接受帝国统治的人。从那时起，幕府将军的爵位变为世袭，幕府将军也成为了公认的岛国军事领袖以及隐藏在皇室背后的真正统治者。不必说，为了夺取这一职位自然引发了不少争斗。1185年，源氏家族在源平合战中消灭了当时幕府将军中的大部分平氏家族。源氏立即通过法律建立了一套封建体系，而与世隔绝的天皇则完完全全被限定为一个受人尊敬的傀儡。

当源赖朝去世后，他妻子的家族——北条氏家族——控制了幕府。其中，北条时宗抵抗了两次蒙古军队入侵，使得禅宗佛教得以传播开来，并帮助形成了武士道精神的最终形式。蒙古入侵对日本历史产生了两点重要影响。日本剑砍在蒙古兵厚重的熟皮盔甲上时，剑身会崩断，这吓坏了日本人，同时也让锻冶大师铸造的著名的日本武士刀得到发展。凶狠的武士同非日本裔敌人共作战三次，第一次就使用了武士刀（另外两次是1592年朝鲜入侵和1609年琉球入侵）；多数情况下，他们会将敌人砍成碎片。

北条家族的权力一直维持到1333年，当时后醍醐天皇发动了一起政变，将实际统治权夺回到皇室家族手中。在这场斗争中，他得到了一些贵族、武士阶层和一些激进的佛教僧人的帮助。但后醍醐天皇的很多重要盟友却对事后的分赃非常不满，并于1336年发到叛乱，将后醍醐天皇驱逐到了北部的吉野山中。在接下来的60年里，日本存在着两个王朝，一个在日本南部，一个在日本北部，他们对日本进行分裂统治。南部的天皇仍然是一个傀儡，真正的实权掌握在室町幕府手中。1391年，两个王朝被再次联合起来，由幕府将军足利尊氏掌权。

由此带来了日本发展过程中的“战国”（或者更为正式的术语为战国时代）时期，这150年的特色是社会动荡，政治阴谋（夹杂着一些暗杀行动）以及武士阶层的私人军队之间永不停歇的军事冲突。这一时期确实缤纷灿烂。宏伟的城堡工程——有很多依然屹立——已经成为了一种艺术形式；日本士兵能熟练操作多种武器，包括欧洲商人引进枪械后出现的步枪；忍者也在这一时期出现。最终，这一国家在英明的织田信长的领导下几乎完全统一，但织田信长却在1582年不幸被他最信任的部下之一背叛并杀害。在这场血腥巨变中，信长领地附近的一位大领主盟友德川家康——当时最著名的武士之一——于1603年成为了幕府将军。

当这一切还在进行中时，欧洲人来了。1543年，一艘驶向中国的葡萄牙船在种子岛登陆。接下来几年里，来自葡萄牙、西班牙和荷兰的商人都选择造访此地，还有一些耶稣会、道明会和方济会传教士都选择留在这里传播他们的福音。新的幕府将军怀疑在本国建的外国贸易区和教堂只不过是欧洲入侵的前兆。此外，基督教迅速传播，特别是在那些愁眉不展的农民中传播极快。1637年的岛原之乱——参与者是大约3万基督徒（大多是农民）和浪人（无主的武士）——幕府将军带领庞大军队才镇压下来。

幕府时代的将军已经受够了。紧随岛原之乱的是德川家光统治下的第一次所谓的“锁国”（隔离政策），在接下来的250年里，他的继任者们又继续将这一政策进行不断强化。各式各样的传教士、商人以及外国人——除了被关在长崎湾弧形人工岛的荷兰人和中国人——全被驱逐出境。与朝鲜的贸易往来也仅局限在对马岛。所有擅自进入日本的外国人或离开本土的日本人会被立即处死。天主教教徒被驱逐，他们建造的学校和教堂也被拆毁，并禁止大领主成为基督教徒，如有违反，也会被处以——毫无疑问的——死刑（这是几乎所有犯罪行为的日本惩罚标准）。

不知是不是因为锁国政策，在这250多年的德川幕府时期，日本经历了社会和文化繁荣，而且相对稳定和平（强制使用武士刀）。浮世绘木版画中出现了很多杰出艺术作品，歌舞伎和文乐木偶戏剧院也是佳作频出；一些最著名的由十三弦古筝和5孔竹笛创作的曲目也起源于这一时期。艺妓的人选也从简单的表演者——包括各种风格类型——逐渐演变成最精致的女性。由武士赞助的艺术，其范围扩展到了整个日本岛的景观美化和建筑领域。社会等级结构变得严格起来，从最底层的农民（约占人口总数的80%）到250位大领主，形成了一个人人认清自己地位并履行相应职责的等级系统。如果一个人跨越了自己的身份地位，那么他会受到严厉处罚…并且马上执行处罚。从喝茶到自杀，所有事都变得非常程式化。

1853年，美国海军上将马修·佩里不请自来，日本形势开始陡转直下。马修·佩里让4艘炮火齐备的现代化战舰在江户湾上航行，并要求日本无条件开放与西方的贸易。第二年，佩里再次出现，这次和他一起来的还有7艘战舰，并强迫幕府将军在美国大炮的威胁下签订了“和平友好条约”。短短5年内，日本便“享受”到了和大部分西方列强签订类似条约的优厚待遇。在神圣的自家门口被外邦军事火力压倒的耻辱导致幕府被推翻，实际大权转回到天皇手中。

朝气蓬勃又年轻的明治天皇于1867年登基，并在国内开始进行从上到下的彻底改革，目的是使日本在军事和经济上赶超那些将战舰航行到自己岛屿附近的西方国家。到了1912年，政府已经彻底废除了封建主义，大部分大领主的土地统一由“帝国控制”，并将其中的很大一部分返还到农民手中，建立了信仰自由制度，促进了贸易发展，几乎消灭了武士阶级。从更实际的视角来看，皇室促进了工业化，并以欧洲模式为基础建立起了君主立宪制度。1873年，日本在全国范围内征兵，建立起日本帝国陆军和海军军队。

凭借着这些高效政策，日本很快成为了该地区的大国，并很快开始模仿西方国家的另一癖性——建立起一个殖民帝国。1894年，日本与奄奄一息的中国争夺朝鲜主导权；日本轻松胜出，并为朝鲜、台湾、澎湖列岛、辽东半岛争取到了“独立”地位。但西方列强却强令日本把辽东半岛还给了中国，中国立即把它租赁给了俄国。日本被激怒了，而且由此爆发的1904年日俄战争也给了日本一个机会证明自己可以凌驾于“西方”列强之上。一战给了日本夺取战败国德国在太平洋和亚洲殖民地的机会。随后日本开始蚕食中国，日军进入满洲——这令每个人都焦虑不安。在经济萧条和西方关税的刺激下，极权主义的军国主义分子控制了政府。直到20世纪30年代末，西方民主国家和大日本帝国一直在发生冲突。

美国民众强烈抗议、日本在中国“暴行”的报道不断涌现、纳粹德国在彻底击败法国后占领了中南半岛、与俄国在满洲地区爆发冲突，没过多久，伴随着1941年对美国和英国的攻击，日本加入了二战。日本最初取得了惊人的成功，但随即遭受了溃败，它发现自己正在输掉这场太平洋战争，最终在1945年8月，美国的原子弹结束了这一切。虽然战后的日本废墟一片，但在美国的占领下，日本像一只凤凰一样崛起了，成为了世界上领先的经济、技术、文化强国之一。