能力
1、统率：武将基本的三项能力(俗称“三围”)中，原本的“速度”变成了“统率(とうそつ)”。中文版改回了速度，只是文字不同，其它都一样。统率不但与攻击顺序有关，还影响物理伤害值，即对实际攻防有一定的加成效果：武将的统率越高，给与敌方的物理伤害就越大，同时受到的伤害越小。
2、猛将：武将能力界面下，武器(ぶき)项右侧带有☆号的即为猛将，如：赵云、魏延、张郃等。他们在装备一般武器时，每回合就能进行2回攻击，而在装备了特殊道具“兵书24篇”时更是能进行4回攻击，不过在装备连打武器的情况下依旧是进行2回攻击。
3、兵士数：敌我双方兵士数大幅增加。当我方兵力在1万以上时，造成物理伤害按1万计算，1万以下则与原版2代一致。敌方兵力在65536以上时，造成物理伤害按65**计算，另外敌方的攻、防会随着兵力的减少，有一定的增加。
4、敌能力：敌方的物理伤害和策略伤害约为我方的2-3倍，攻、防、SP以及可使用的策略都随着我方等级的提高而增加，杂鱼以及一部分敌将的兵力也会随着我方等级变动。(作者称其为“BLEACH System”，意为己方越强，敌方也越强)
策略
1、军师：军师排在队列前五位时便可参加战斗，且只关系到我方所能使用的策略种类(不同类型军师所掌握的具体计策阵型种类，参见“军师类型”)；
2、SP值：队伍的实际SP值以及使用智复丹所恢复的SP量皆由我方全队的智力总合所决定，故建议队列中不参战的两人，尽量选择高智力的文官，以提高整体的智力水平；
3、计策：引入了初代中的击柔、倍击、归还3种计策，最强的攻击计策变为落雷计；火、水、石三系的攻击计策以及回复计策的效果较原版有所增强，而敌方计策攻击的伤害值约为我方的2-3倍；另外、敌方中离间、离叛计自相残杀时的伤害锐减(计策的具体效果等参见“计策一览”)；
4、阵型：我方阵型在散开的状态下，攻、防仅为实际的1/4、1/2，不过我方在仅剩1人时，阵型才会解开(阵型的具体效果详见“阵型介绍”)；
兵粮
本作引入了初代中的兵粮系统并加以强化：兵粮在行军时会逐渐消耗，具体数值与行军时的地形有关，兵士数越大消耗量也越大，当兵粮降至0时，每走一步兵士数都会减少，需要注意的是乘船时兵粮亦会消耗；另外，兵粮在战斗中也会消耗，消耗量与我方的兵士数有关，而不同路线的消耗倍率也不同：隐藏>荆州>伐吴>汉中，一旦被火、水系的计策命中后更是会锐减，当兵粮减少到0时，给与对方的伤害将下降为原本的1/2(这一设定也适用于敌方)。
要增加兵粮只能在城池、关隘中的兵粮屋购买，兵粮屋的招牌是“兵”(有少部分为“下”甚至没有招牌，此为bug)，金：兵粮=1：10。
成都、汉中的道具屋中有出售木牛、流马，这两样特殊道具都能减少我方的兵粮消耗。木牛的作用是：地图行军时，无论所处地形如何，兵粮消耗都与平地时相同；战斗时，消耗倍率固定为1倍。流**作用是：行军或战斗时，抑制兵粮的消耗(即减小兵士数对兵粮消耗的影响)。需要注意的是，木牛和流马一旦持有，即会发挥效用，无需装备；另外，持有多个的话效果也不会叠加，故两种道具各买1个即可。
合体
游戏增加了一个全新的合体系统，其灵感来源于《女神转生》系列。在城池中的儒教馆里(招牌为六芒星，少部分没有招牌)，可以选择编成所内的两名不同的武将进行合体，合体成功后得到新武将，而作为合体素材的两名武将会从编成所解雇(可在野战时再次收降)。纵使是两名固定的武将，如果选择时的顺序不同，合体出的武将也会不同，比如：1.关兴+2.关索=姜维；1.关索+2.关兴=罗宪。注意不是所有合体都能成功(即可以看到合体后的武将资料，但无法得到该武将)：我方等级是能否成功合体的一个前提条件，合成兵力越多的敌将所要求的等级也越高，当等级很高时甚至可以合成出平时绝对无法收降的敌将，如孙权、曹叡等；若合体出来的新武将已经存在于我方队列或编成所重，也无法成功；另外有部分武将绝对无法成功合体，如诸葛亮、赵云等；不同路线可以合成的武将也有所不同
降级
游戏中新增了一个降级系统，由于敌方的攻防、可用策略以及部分敌将的兵力都是随我方等级而变化的，故适时的降级，凭借精良的装备，能让一些战役轻松不少(如许昌、建业的最终战)。降级屋的招牌是“下”，部分没有招牌，每次进入里面的NPC和台词都是随机的。每次能降10级，但要消耗玩家一半的金钱。
需要注意的是，降级的底线是39级，也就是说，当玩家的队伍至少到达40级以上时，才能使用降级系统。不过随着我方等级的下降，已习得的计策会消失，队伍的计策种类会与降级后的等级相符。另外等级下降后，队伍的MSP值也会减少，每下降1次减少21～30不等。
分支
游戏中设有分支选项，序幕时第一次北伐可以选择汉中路线或是荆州路线(长安路线暂未做出)。而汉中路线中段还有第二次分支选项，选择是否放弃盟约伐吴。不同的分支路线关系到剧情的不同、武将的生死、敌将能否加入或做成、特殊道具的入手等等。三条分支路线分别为：汉中-北伐路线、汉中-伐吴路线、荆州路线。
其它
- 在野外战胜敌方将领后，可将其收降，其索要的金额会随我方等级的提高而增加，不过敌将加入我方后兵力不变；
- 野外遇敌时，出现敌将的几率由1/4提高为1/2；
- 宿屋休息时所需的金额随我方等级与最大兵士数的提高而增加；
- 按下Select的队列一览画面下，可以看到军师的头像；
- 在道具屋购买消耗性道具时，可以选择1、3、6、9进行复数购买；
- 除隐藏地界外，其他城池的武具屋所售商品，是随着剧情的推移而发生变化的；
- 原版2代中的良性bug——普通复制术，在本作中已无法使用(无法捡回舍弃的道具，亦有可能发生系统错误)，但是无限复制术依然可以使用；
- 追加了大量的隐藏事件，一些是向原作的初代致敬，还有一些则是为了增加游戏的挑战性。虽然不完成也不会影响到结局，但大多数隐藏事件都能得到极好的物品，甚至隐藏同伴
